Первые поселения у берегов Сакского озера появляются в IV-II тысячелетии до н.э. Эти поселения находились в районе современных сел Михайловка, Ивановка, Новофедоровка, а также возле городища Кара-Тобе. В III веке до н.э. в Крыму образовалось позднескифское государство. Столицей его был Неаполь Скифский (территория современного Симферополя).

Начался длительный период греко — скифских войн. Многие греческие усадьбы и земли захватываются скифами.

В 111- 109 годах до н.э. по просьбе херсонеситов, обессилевших в борьбе со скифами, понтийский царь Митридат VI Евпатор отправил в Крым войско во главе с полководцем Диофантом. Скифы были разгромлены. Понтийцы построили в Западном Крыму крепость Евпаторион ( предположительно на холме Кара-Тобе).

После смерти царя Митридата VI Евпатора понтийцы покинули Крым. Скифские поселения в Западном Крыму возрождаются. Позже на полуострове обосновался значительный римский гарнизон, после их ухода часть скифов возвратилась в свои усадьбы.

Во втором веке в Крым вторглись ираноязычные племена сарматов.

Средневековое поселение существовало на Сакской пересыпи с IX- X века.

В XVII веке на берегу озера Сак, как его тогда называли, находится одноименная татарская деревня.

П.И. Сумароков в книге «Путешествие по всему Крыму и Бессарабии в 1799 году» дал описание процедуры лечения Сакскими целебными грязями. Французский химик Ф.А.Дессер впервые провел анализ грязи Сакского озера. Симферопольский врач П.А.Ланг осуществлял первые медицинские наблюдения за грязелечением. В Саках работал евпаторийский уездный врач Н.А.Оже. Он приезжал в село в летние месяцы и наблюдал за лечением больных.

При Сакских целительных грязях в 1828 году был построен «казенный дом» — здание, где останавливались больные, прибывшие на лечение.

В 1837 году деревня Саки стала центром волости. Генерал-лейтенант Н.Н. Муравьев добился официального разрешения на открытие в Саках отделения симферопольского военного госпиталя. В 1840 году при сакском озере построена первая грязелечебница- легкое помещение для принятия теплых грязевых ванн в ненастную погоду. Чуть позже построено несколько капитальных сооружений при сакских лечебных грязях.

В 1858 году на Сакском озере был открыт соляной промысел с солеосадочными бассейнами.

Первая артезианская скважина пробурена в 1890 году и начались работы по закладке курортного парка.

В 1909 году старшим врачем грязелечебницы был назначен С.С.Налбандов, один из крупнейших в стране специалистов по грязелечению. В 1912 году в Саках открыт институт диагностики и физических методов лечения.

В 1916 году вблизи Сакского озера построен первый в России бромный завод.

С 1920-1930 года все курортные учреждения на территории города превращены в санатории.

Некоторые санатории начинают работать круглогодично.

Перед окончанием Великой Отечественной войны, в феврале 1945 года, в дни проведения Ялтинской конференции глав правительств СССР, США и Великобритании, на Сакский аэродром прибывают американские и английские летчики. Они участвовали в обеспечении безопасности важного мероприятия. Разместили иностранных офицеров в Сакском военном санатории.

В 1952 году поселок Саки получает статус города. В 1979 году Саки приобретает статус города областного подчинения, а в 1983 году город Саки стал курортом государственного значения СССР.

В 2005 году Постановлением Верховной Рады Украины город Саки получил статус курорта государственного значения.